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NCBI Taxonomy - XML

NCBI Taxonomy（National Center for Biotechnology Information Taxonomy）は、米国国立生物工学情報センターが管理する、公開配列データベースに登録された全生物の分類と命名法を体系化したデータベースです。現在、地球上の記述された生物種の約10%をカバーしており、遺伝子配列データと生物分類を関連付ける重要な役割を果たしています。古細菌、細菌、真核生物、ウイルスなどの主要な生物群を階層的に整理し、生物医学研究やバイオインフォマティクス解析の基盤として世界中で広く利用されています。

生物分類データベースバイオインフォマティクス遺伝子配列系統分類学 NCBI

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  <item>
    <code>2157</code>
    <slug>archaea</slug>
    <name>古細菌</name>
    <description>細菌とは異なる原核生物のドメインで、極限環境に適応した単細胞生物群です。</description>
    <lineage>cellular organisms</lineage>
    <rank>domain</rank>
    <taxonomyId>2157</taxonomyId>
  </item>
  <item>
    <code>2</code>
    <slug>bacteria</slug>
    <name>細菌</name>
    <description>最も多様で普遍的に分布する原核生物のドメインです。</description>
    <lineage>cellular organisms</lineage>
    <rank>domain</rank>
    <taxonomyId>2</taxonomyId>
  </item>
  <item>
    <code>2759</code>
    <slug>eukaryota</slug>
    <name>真核生物</name>
    <description>膜で囲まれた核を持つ細胞からなる生物のドメインです。</description>
    <lineage>cellular organisms</lineage>
    <rank>domain</rank>
    <taxonomyId>2759</taxonomyId>
  </item>
  <item>
    <code>10239</code>
    <slug>viruses</slug>
    <name>ウイルス</name>
    <description>宿主細胞に依存して複製する非細胞性の感染性因子です。</description>
    <lineage>root</lineage>
    <rank>superkingdom</rank>
    <taxonomyId>10239</taxonomyId>
  </item>
  <item>
    <code>28384</code>
    <slug>other-sequences</slug>
    <name>その他の配列</name>
    <description>人工配列やプラスミド、トランスポゾンなど生物以外の配列データを含む分類です。</description>
    <lineage>other entries</lineage>
    <rank>no rank</rank>
    <taxonomyId>28384</taxonomyId>
  </item>
  <item>
    <code>12908</code>
    <slug>unclassified-sequences</slug>
    <name>未分類配列</name>
    <description>特定の分類群に帰属できない配列や環境サンプル由来の配列を含む分類です。</description>
    <lineage>unclassified entries</lineage>
    <rank>no rank</rank>
    <taxonomyId>12908</taxonomyId>
  </item>
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