日本の学校教育制度は、学校教育法に基づき文部科学省が管轄しています。学校は大きく分けて、設置者による分類（国立・公立・私立）と、教育段階・形態による分類の2つの観点から体系化されています。
設置者による分類では、国が設置する国立学校、地方公共団体が設置する公立学校、学校法人が設置する私立学校があります。国立学校は主に大学や高等専門学校に多く、学費が比較的安いのが特徴です。公立学校は学区制を採用し、義務教育段階は無料で教育の公平性が重視されています。私立学校は独自の教育理念に基づき、独自のカリキュラムや中高一貫教育を行う学校が多いです。
教育段階による分類では、6年間の小学校と3年間の中学校が義務教育を担います。2016年には小中一貫9年間の教育を行う義務教育学校が制度化され、全国に約240校が設置されています。また、1998年には中高一貫6年間の教育を行う中等教育学校が制度化されました。特別支援学校は、視覚障害、聴覚障害、肢体不自由、病弱、知的障害のある児童・生徒に対して、幼稚園から高等学校に準ずる教育を提供しています。
高等教育段階では、4年制の大学、2年ないし3年制の短期大学、5年制の高等専門学校があります。大学は私立が約80%を占め、多様な学問分野での教育と研究が行われています。これらの多様な学校形態が、日本の教育制度の特徴を形作っています。